Ausencias médicas en la pyme: bajas, permisos y cómo gestionarlas sin errores

Un trabajador llama a las ocho de la mañana: está enfermo y no viene. A partir de ahí la empresa tiene que decidir qué tipo de ausencia es, qué documento puede pedir, cómo la refleja en el registro de jornada, qué le comunica a la gestoría para la nómina y qué le dice a la Seguridad Social. Las ausencias médicas son la incidencia más frecuente en cualquier plantilla y, desde que en 2023 el trabajador dejó de entregar el parte de baja a la empresa, también la que más dudas genera. Esta guía ordena los tipos de ausencia, lo que cambió con el Real Decreto 1060/2022, lo que la empresa puede y no puede hacer y un proceso para gestionarlas sin errores.

Tipos de ausencia médica

No todas las ausencias por motivos de salud son iguales, y tratarlas igual es el primer error.

Baja médica (incapacidad temporal). El trabajador no puede trabajar y un médico del servicio público de salud o de la mutua emite el parte de baja. Puede ser por contingencia común (enfermedad común o accidente no laboral) o por contingencia profesional (accidente de trabajo o enfermedad profesional), y el régimen de pago es distinto: lo explicamos en quién paga la baja por enfermedad y en quién paga la baja por accidente laboral.
Permisos retribuidos del artículo 37.3 del Estatuto de los Trabajadores. Con la reforma de 2023, cinco días por accidente o enfermedad graves, hospitalización o intervención quirúrgica sin hospitalización que precise reposo domiciliario del cónyuge, pareja de hecho o parientes hasta el segundo grado; y el tiempo indispensable para exámenes prenatales y técnicas de preparación al parto. Son días de ausencia justificada y pagada, no bajas.
Ausencia por fuerza mayor familiar. Hasta cuatro días al año, retribuidos según convenio, por motivos familiares urgentes relacionados con enfermedad o accidente que hagan indispensable la presencia inmediata del trabajador (artículo 37.9).
Consultas médicas del propio trabajador. El Estatuto no reconoce un permiso retribuido general para ir al médico; depende del convenio colectivo, que a menudo fija un número de horas al año o exige justificante. Si el convenio no dice nada, es tiempo que se recupera o se descuenta, salvo acuerdo con la empresa.
Ausencia sin justificar. El trabajador falta y no aporta parte ni justificante. Es la única que puede tener consecuencias disciplinarias, y hay que documentarla como tal.

Clasificar bien cada ausencia decide todo lo demás: si se paga, quién la paga, si computa como jornada y qué documento la acredita.

Lo que cambió con el Real Decreto 1060/2022

Desde el 1 de abril de 2023 el circuito de las bajas médicas es distinto:

El trabajador ya no entrega el parte de baja, de confirmación ni de alta a la empresa. El servicio de salud o la mutua se lo entregan a él y lo comunican al Instituto Nacional de la Seguridad Social por vía telemática.
El INSS comunica a la empresa los datos administrativos del parte por medios electrónicos, como máximo el primer día hábil siguiente a recibirlo.
La empresa comunica a la Seguridad Social, por el Sistema RED y en un plazo máximo de tres días hábiles desde que recibe el parte de baja, los datos económicos que le corresponden (base de cotización, puesto, entre otros).
Los partes se emiten según la duración estimada por el médico: en procesos muy cortos, de menos de cinco días, la baja y el alta pueden ir en el mismo parte; en los cortos, de cinco a treinta días, la primera revisión es a los siete días y las siguientes cada catorce; en los de duración media, de treinta y uno a sesenta, la primera a los siete y las siguientes cada veintiocho; en los largos, a partir de sesenta y un días, la primera a los catorce y las siguientes cada treinta y cinco.

En la práctica, la empresa se entera de la baja por el trabajador, que sigue obligado a avisar de que no acude, y la confirma por la comunicación del INSS. Lo que no puede hacer es exigirle el parte en papel como antes.

Lo que la empresa puede y no puede hacer

Puede pedir que avise cuanto antes y que aporte el justificante de las ausencias que no son bajas (consulta médica, permiso por hospitalización de un familiar), en la forma que fije el convenio.
No puede pedir el diagnóstico. El parte que recibe no lo incluye y el justificante de una consulta tampoco tiene por qué. Los datos de salud son categoría especial y la empresa solo necesita saber que la ausencia está justificada y cuánto dura.
Puede verificar el estado de salud mediante reconocimiento a cargo de personal médico (artículo 20.4 del Estatuto de los Trabajadores); si el trabajador se niega, puede perder los complementos económicos a cargo de la empresa, no la prestación.
No puede despedir por faltas de asistencia justificadas. La causa objetiva de despido por absentismo del antiguo artículo 52.d) se derogó en 2020; las ausencias justificadas por enfermedad no son causa de despido.
Debe reflejar la ausencia en el registro de jornada como tal, no como jornada trabajada ni como hueco sin explicar, y comunicar a quien calcula la nómina cada ausencia con su tipo y sus fechas, porque el pago varía según el tipo, el día de la baja y lo que mejore el convenio.
Debe conservar los justificantes y las comunicaciones el tiempo que exija la normativa laboral y de protección de datos, con acceso restringido.

Un proceso que evita errores

Aviso. El trabajador comunica la ausencia por el canal acordado el primer día. Queda registrado con fecha y hora.
Clasificación. Quien gestiona el personal asigna el tipo: baja por contingencia común o profesional, permiso del artículo 37.3, fuerza mayor familiar, consulta médica según convenio o ausencia sin justificar.
Justificante. Para las ausencias que no son bajas, el trabajador adjunta el justificante en el plazo que fije el convenio. Para las bajas, la empresa espera la comunicación del INSS y guarda el registro.
Comunicación a la Seguridad Social. Los datos económicos de la baja se envían por el Sistema RED dentro de los tres días hábiles.
Registro de jornada y calendario. La ausencia aparece en el registro con su tipo y en el calendario del equipo, para que turnos y coberturas se reorganicen a tiempo.
Nómina. Al cierre del mes, la lista de ausencias con tipo y fechas va a la gestoría o al programa de nóminas, sin recopilarla de correos y mensajes.
Seguimiento. En bajas largas, anotar las fechas de revisión previstas y la fecha de alta; en ausencias repetidas sin justificar, documentarlas por si hay que actuar.

Cómo lo resuelve LapsoWork

El módulo de vacaciones y ausencias de LapsoWork está pensado para que este proceso no dependa de la memoria de nadie:

Ausencias y bajas con tipología propia: médicas, sin sueldo, permisos retribuidos, con los tipos que fije tu convenio.
Solicitud desde la app con el justificante adjunto, y aprobación o registro por el responsable con aviso automático.
Calendario compartido por equipo o centro, para ver la cobertura antes de que falte alguien más.
Histórico completo: cada ausencia queda registrada con fecha, tipo, estado y quien la gestionó, auditable cuando haga falta.
Informe exportable a Excel para la gestoría y para gerencia, con las ausencias del mes por persona y tipo.
Enlace con el control horario: la ausencia se refleja en el registro de jornada, sin huecos ni horas inventadas.
Los justificantes en el gestor documental, con acceso restringido y conservación ordenada.

Está incluido en el plan Básico, a 2 € por empleado y mes, junto con el control horario y la distribución de nóminas. Los detalles están en la página de software de vacaciones y ausencias y en nuestra página de precios. Y para medir si el absentismo mejora, los indicadores de recursos humanos que salen del propio sistema son el punto de partida.

Preguntas frecuentes

¿El trabajador tiene que entregar el parte de baja a la empresa?

No desde el 1 de abril de 2023. Con el Real Decreto 1060/2022, el servicio de salud o la mutua comunican el parte al INSS y este lo transmite a la empresa por medios electrónicos el primer día hábil siguiente. El trabajador sigue obligado a avisar de que no acude al trabajo, pero no a aportar el parte en papel.

¿Puede la empresa pedir un justificante por ir al médico?

Sí, en la forma que establezca el convenio colectivo, que es el que regula si la consulta médica del propio trabajador es un permiso retribuido, cuántas horas al año y con qué justificación. El justificante no tiene por qué incluir el diagnóstico, y la empresa no puede exigirlo.

¿Se puede despedir a un trabajador por faltar mucho por enfermedad?

No por ausencias justificadas. La causa de despido objetivo por absentismo del antiguo artículo 52.d) del Estatuto de los Trabajadores se derogó en 2020. Las faltas sin justificar sí pueden tener consecuencias disciplinarias según el convenio, y por eso conviene documentar cada ausencia con su tipo.

¿Qué plazo tiene la empresa para comunicar una baja a la Seguridad Social?

Tres días hábiles desde que recibe el parte de baja, por el Sistema RED, para transmitir los datos económicos que le corresponden. Los datos administrativos del parte los recibe del INSS de forma electrónica.

¿Cómo se refleja una ausencia médica en el registro de jornada?

Como ausencia, con su tipo, no como jornada trabajada ni como hueco sin explicar. El registro debe permitir distinguir los días de baja, los permisos retribuidos y las ausencias sin justificar, porque cada uno se trata de forma distinta en la nómina y ante la Inspección de Trabajo.

Conclusión

Gestionar las ausencias médicas en una pyme consiste en clasificar bien cada ausencia, cumplir los plazos con la Seguridad Social, pedir solo el documento que corresponde y dejar constancia de todo en el registro de jornada y en la nómina. Desde 2023 la empresa ya no recibe el parte del trabajador, así que el orden tiene que venir del propio proceso, no del papel. Si quieres que ese proceso viva en la app de tus empleados y no en un grupo de mensajería, prueba LapsoWork 30 días gratis.