¿Quién paga la baja por enfermedad? Guía para empresas y trabajadores

Cuando un trabajador coge la baja, la primera duda que surge en la empresa (y en el propio empleado) es siempre la misma: ¿quién paga la baja por enfermedad? La respuesta no es “la Seguridad Social y punto”. El coste se reparte por tramos entre el trabajador, la empresa y la entidad gestora, y ese reparto cambia según el tipo de contingencia. Si gestionas una pyme, conviene tenerlo claro para no pagar de más ni descuadrar las nóminas. Aquí lo explicamos de forma sencilla y con los datos vigentes en 2026.

¿Qué es la baja por enfermedad?

La baja por enfermedad (técnicamente, incapacidad temporal o IT) es la situación en la que un trabajador no puede desempeñar sus tareas por un problema de salud y necesita asistencia sanitaria. Mientras dura, el contrato queda suspendido: el empleado no acude al puesto, pero conserva su relación laboral y percibe una prestación económica que sustituye a su salario.

Existen dos grandes tipos de contingencia, y de ellos depende quién paga y cuánto:

• Contingencias comunes: enfermedad común (una gripe, una infección, una lumbalgia) o accidente no laboral. Es el caso más frecuente.
• Contingencias profesionales: enfermedad profesional derivada del trabajo o accidente laboral, incluidos los ocurridos in itinere (de camino al trabajo).

Esta distinción es clave, porque las bajas por contingencias profesionales tienen una cobertura más generosa desde el primer día.

¿Quién paga la baja por enfermedad?

En una baja por enfermedad común o accidente no laboral, el pago de la prestación se reparte en tres tramos:

• Días 1 a 3: no se cobra prestación de la Seguridad Social. Este tramo lo asume el trabajador (salvo que el convenio colectivo obligue a la empresa a complementarlo, algo muy habitual).
• Días 4 a 15: paga la empresa, con cargo a sus propios recursos.
• A partir del día 16: paga la Seguridad Social o la mutua colaboradora, aunque el abono se realiza en la nómina en régimen de pago delegado (la empresa lo adelanta y luego se lo compensa).

En cuanto a cuánto se cobra en una contingencia común:

• Del día 4 al 20: el 60 % de la base reguladora.
• A partir del día 21: el 75 % de la base reguladora.

Muchos convenios colectivos mejoran estas cifras y obligan a la empresa a complementar la prestación hasta el 100 % del salario durante un número de días. Por eso, antes de calcular una nómina de baja, lo primero es revisar el convenio aplicable.

¿Quién paga los 3 primeros días de baja por enfermedad?

Esta es la pregunta que más se repite. En una baja por contingencia común, los tres primeros días no generan prestación de la Seguridad Social: en principio, ese coste recae sobre el trabajador, que dejaría de percibir esos días.

Sin embargo, en la práctica ocurren dos cosas muy frecuentes:

1. El convenio colectivo obliga a la empresa a pagarlos. Un gran número de convenios recogen la obligación de complementar la prestación desde el primer día, de modo que el trabajador no pierde ingresos.
2. La empresa lo asume voluntariamente como parte de sus condiciones laborales.

La situación cambia por completo en las contingencias profesionales (accidente de trabajo o enfermedad profesional):

• Se cobra desde el día siguiente a la baja.
• La prestación es del 75 % de la base reguladora desde el primer día.
• El día de la baja lo paga íntegramente la empresa como si fuera un día trabajado.

En estos casos no existe el “vacío” de los tres primeros días: la cobertura arranca antes y con un porcentaje más alto.

¿Y en el caso de los autónomos?

Los trabajadores por cuenta propia (RETA) también tienen derecho a prestación por IT, siempre que estén al corriente de sus cotizaciones y tengan cubierta la contingencia. En enfermedad común, cobran desde el cuarto día de baja, y el pago corre a cargo de la mutua o entidad gestora con la que tengan cubierta la contingencia. En contingencias profesionales, desde el día siguiente.

¿Cómo gestionar las ausencias en la empresa?

Más allá de saber quién paga cada tramo, el reto real de una pyme es gestionar el papeleo y el impacto en la nómina sin errores. Una baja mal registrada puede traducirse en un cálculo incorrecto, un descuadre en la cotización o un problema con la Inspección de Trabajo.

Para llevarlo con orden conviene:

• Registrar la fecha exacta de baja y alta de cada trabajador y su tipo de contingencia.
• Guardar los partes médicos (baja, confirmación y alta) de forma centralizada y accesible.
• Aplicar el complemento del convenio de forma automática, en lugar de calcularlo a mano cada mes.
• Reflejar la ausencia en el registro de jornada, para que el control horario cuadre con lo que realmente ha trabajado la plantilla.

Aquí es donde un software de RRHH marca la diferencia. Con LapsoWork puedes registrar las bajas, vincularlas al control horario y almacenar los partes médicos en el gestor documental, de modo que cada ausencia queda documentada y su efecto en la nómina se calcula solo. Menos hojas de cálculo, menos errores y toda la trazabilidad que la Inspección puede pedirte.

En resumen

• En enfermedad común, el reparto es: días 1-3 el trabajador (salvo convenio), días 4-15 la empresa y desde el día 16 la Seguridad Social.
• Se cobra el 60 % de la base reguladora del día 4 al 20, y el 75 % a partir del día 21.
• En contingencias profesionales (accidente o enfermedad laboral), se cobra el 75 % desde el día siguiente a la baja.
• Revisa siempre el convenio colectivo: es lo que determina si esos primeros días se pagan y si hay complemento hasta el 100 %.

Tener este proceso automatizado te ahorra tiempo, evita errores en las nóminas y te da la tranquilidad de cumplir con la normativa vigente.