Absences médicales dans la PME : arrêts, congés et comment les gérer sans erreur

Un salarié appelle à huit heures du matin : il est malade et ne viendra pas. À partir de là, l’entreprise doit décider de quel type d’absence il s’agit, quel document elle peut demander, comment la refléter dans l’enregistrement du temps de travail, ce qu’elle communique au cabinet comptable pour la paie et ce qu’elle déclare à la Sécurité sociale. Les absences médicales sont l’incident le plus fréquent dans tout effectif et, depuis que les salariés ont cessé en 2023 de remettre l’arrêt maladie à l’entreprise, celui qui soulève le plus de questions. Ce guide classe les types d’absence, ce qui a changé avec le décret royal 1060/2022, ce que l’entreprise peut et ne peut pas faire, et un processus pour les gérer sans erreur.

Types d’absence médicale

Toutes les absences pour raison de santé ne se ressemblent pas, et les traiter de la même façon est la première erreur.

Arrêt maladie (incapacité temporaire). Le salarié ne peut pas travailler et un médecin du service public de santé ou de la mutuelle émet l’arrêt. Il peut relever d’une contingence commune (maladie ordinaire ou accident non professionnel) ou d’une contingence professionnelle (accident du travail ou maladie professionnelle), et le régime de paiement diffère : nous l’expliquons dans qui paie l’arrêt maladie et dans qui paie l’arrêt pour accident du travail.
Congés rémunérés de l’article 37.3 du Statut des travailleurs. Depuis la réforme de 2023, cinq jours pour accident ou maladie graves, hospitalisation ou intervention chirurgicale sans hospitalisation nécessitant un repos à domicile du conjoint, du partenaire ou des parents jusqu’au deuxième degré ; et le temps indispensable pour les examens prénataux et les techniques de préparation à l’accouchement. Ce sont des jours d’absence justifiée et payée, pas des arrêts.
Absence pour force majeure familiale. Jusqu’à quatre jours par an, rémunérés selon la convention, pour des motifs familiaux urgents liés à une maladie ou un accident rendant indispensable la présence immédiate du salarié (article 37.9).
Rendez-vous médicaux du salarié lui-même. Le Statut ne reconnaît pas de congé rémunéré général pour aller chez le médecin ; cela dépend de la convention collective, qui fixe souvent un nombre d’heures par an ou exige un justificatif. Si la convention ne dit rien, c’est du temps à récupérer ou à déduire, sauf accord avec l’entreprise.
Absence injustifiée. Le salarié est absent et ne fournit ni arrêt ni justificatif. C’est la seule qui peut avoir des conséquences disciplinaires, et il faut la documenter comme telle.

Bien classer chaque absence détermine tout le reste : si elle est payée, qui la paie, si elle compte comme temps de travail et quel document l’atteste.

Ce qui a changé avec le décret royal 1060/2022

Depuis le 1er avril 2023, le circuit des arrêts maladie est différent :

Le salarié ne remet plus l’arrêt, la confirmation ni la reprise à l’entreprise. Le service de santé ou la mutuelle les lui remettent et les communiquent par voie électronique à l’Institut national de la Sécurité sociale (INSS).
L’INSS communique à l’entreprise les données administratives de l’arrêt par voie électronique, au plus tard le premier jour ouvrable suivant sa réception.
L’entreprise communique à la Sécurité sociale, via le Système RED et dans un délai maximal de trois jours ouvrables à compter de la réception de l’arrêt, les données économiques qui lui incombent (base de cotisation, poste, entre autres).
Les arrêts sont émis selon la durée estimée par le médecin : pour les processus très courts, de moins de cinq jours, l’arrêt et la reprise peuvent figurer sur le même document ; pour les courts, de cinq à trente jours, la première révision a lieu à sept jours puis toutes les deux semaines ; pour les moyens, de trente-et-un à soixante jours, la première à sept jours puis tous les vingt-huit jours ; pour les longs, à partir de soixante-et-un jours, la première à quatorze jours puis tous les trente-cinq jours.

En pratique, l’entreprise apprend l’arrêt par le salarié, qui reste tenu de prévenir qu’il ne vient pas, et le confirme par la communication de l’INSS. Ce qu’elle ne peut pas faire, c’est exiger l’arrêt papier comme avant.

Ce que l’entreprise peut et ne peut pas faire

Elle peut demander d’être prévenue au plus tôt et d’obtenir le justificatif des absences qui ne sont pas des arrêts (rendez-vous médical, congé pour hospitalisation d’un proche), dans la forme fixée par la convention.
Elle ne peut pas demander le diagnostic. L’arrêt qu’elle reçoit ne le mentionne pas et le justificatif d’un rendez-vous n’a pas à le faire non plus. Les données de santé sont une catégorie particulière et l’entreprise n’a besoin de savoir que si l’absence est justifiée et combien de temps elle dure.
Elle peut vérifier l’état de santé par un examen effectué par du personnel médical (article 20.4 du Statut des travailleurs) ; si le salarié refuse, il peut perdre les compléments économiques à la charge de l’entreprise, pas la prestation.
Elle ne peut pas licencier pour des absences justifiées. Le motif de licenciement objectif pour absentéisme de l’ancien article 52.d) a été abrogé en 2020 ; les absences justifiées pour maladie ne sont pas un motif de licenciement.
Elle doit refléter l’absence dans l’enregistrement du temps de travail en tant que telle, ni comme temps travaillé ni comme trou inexpliqué, et informer celui qui calcule la paie de chaque absence avec son type et ses dates, car le paiement varie selon le type, le jour de l’arrêt et ce que la convention améliore.
Elle doit conserver les justificatifs et les communications aussi longtemps que l’exigent le droit du travail et la protection des données, avec un accès restreint.

Un processus qui évite les erreurs

Prévenance. Le salarié signale l’absence par le canal convenu dès le premier jour. Elle est enregistrée avec date et heure.
Classification. La personne chargée du personnel attribue le type : arrêt pour contingence commune ou professionnelle, congé de l’article 37.3, force majeure familiale, rendez-vous médical selon la convention ou absence injustifiée.
Justificatif. Pour les absences qui ne sont pas des arrêts, le salarié joint le justificatif dans le délai fixé par la convention. Pour les arrêts, l’entreprise attend la communication de l’INSS et conserve l’enregistrement.
Communication à la Sécurité sociale. Les données économiques de l’arrêt sont envoyées via le Système RED dans les trois jours ouvrables.
Enregistrement du temps de travail et calendrier. L’absence apparaît dans l’enregistrement avec son type et dans le calendrier de l’équipe, afin de réorganiser plannings et remplacements à temps.
Paie. À la clôture du mois, la liste des absences avec type et dates part au cabinet ou au programme de paie, sans la reconstituer à partir de courriels et de messages.
Suivi. Pour les arrêts longs, noter les dates de révision prévues et la date de reprise ; pour les absences injustifiées répétées, les documenter au cas où il faudrait agir.

Comment LapsoWork le résout

Le module de congés et absences de LapsoWork est conçu pour que ce processus ne dépende de la mémoire de personne :

Absences et arrêts avec leur propre typologie : médicaux, sans solde, congés rémunérés, avec les types que fixe votre convention.
Demande depuis l’application avec le justificatif joint, et validation ou enregistrement par le responsable avec notification automatique.
Calendrier partagé par équipe ou par site, pour voir la couverture avant qu’une autre personne ne manque.
Historique complet : chaque absence est enregistrée avec date, type, statut et personne qui l’a traitée, auditable à tout moment.
Rapport exportable vers Excel pour le cabinet et pour la direction, avec les absences du mois par personne et par type.
Lien avec le pointage : l’absence se reflète dans l’enregistrement du temps de travail, sans trous ni heures inventées.
Les justificatifs dans la gestion documentaire, avec accès restreint et conservation ordonnée.

C’est inclus dans l’offre Basique, à 2 € par salarié et par mois, avec le pointage et la distribution des bulletins de paie. Les détails sont sur la page du logiciel de congés et absences et sur notre page de tarifs. Et pour mesurer si l’absentéisme s’améliore, les indicateurs de ressources humaines issus du système lui-même sont le point de départ.

Questions fréquentes

Le salarié doit-il remettre l’arrêt maladie à l’entreprise ?

Plus depuis le 1er avril 2023. Avec le décret royal 1060/2022, le service de santé ou la mutuelle communiquent l’arrêt à l’INSS, qui le transmet à l’entreprise par voie électronique le premier jour ouvrable suivant. Le salarié reste tenu de prévenir qu’il ne vient pas travailler, mais pas de fournir l’arrêt papier.

L’entreprise peut-elle demander un justificatif pour un rendez-vous médical ?

Oui, dans la forme prévue par la convention collective, qui régit si le rendez-vous médical du salarié est un congé rémunéré, combien d’heures par an et avec quelle justification. Le justificatif n’a pas à mentionner le diagnostic, et l’entreprise ne peut pas l’exiger.

Peut-on licencier un salarié souvent absent pour maladie ?

Pas pour des absences justifiées. Le motif de licenciement objectif pour absentéisme de l’ancien article 52.d) du Statut des travailleurs a été abrogé en 2020. Les absences injustifiées peuvent avoir des conséquences disciplinaires selon la convention, d’où l’intérêt de documenter chaque absence avec son type.

Quel délai l’entreprise a-t-elle pour communiquer un arrêt à la Sécurité sociale ?

Trois jours ouvrables à compter de la réception de l’arrêt, via le Système RED, pour transmettre les données économiques qui lui incombent. Elle reçoit les données administratives de l’arrêt de l’INSS par voie électronique.

Comment une absence médicale se reflète-t-elle dans l’enregistrement du temps de travail ?

Comme une absence, avec son type, ni comme temps travaillé ni comme trou inexpliqué. L’enregistrement doit permettre de distinguer les jours d’arrêt, les congés rémunérés et les absences injustifiées, car chacun est traité différemment dans la paie et devant l’Inspection du travail.

Conclusion

Gérer les absences médicales dans une PME, c’est bien classer chaque absence, respecter les délais avec la Sécurité sociale, ne demander que le document approprié et tout consigner dans l’enregistrement du temps de travail et dans la paie. Depuis 2023, l’entreprise ne reçoit plus l’arrêt du salarié ; l’ordre doit donc venir du processus lui-même, pas du papier. Si vous voulez que ce processus vive dans l’application de vos salariés et non dans un groupe de messagerie, essayez LapsoWork gratuitement pendant 30 jours.