Qui paie l'arrêt maladie ? Guide pour les entreprises et les salariés

Lorsqu’un salarié se met en arrêt maladie, la première interrogation qui surgit dans l’entreprise (et chez le salarié lui-même) est toujours la même : qui paie l’arrêt maladie ? La réponse n’est pas « la Sécurité sociale, un point c’est tout ». Le coût se répartit par tranches entre le salarié, l’entreprise et l’organisme gestionnaire, et cette répartition change selon le type de risque. Si vous dirigez une PME, mieux vaut avoir les idées claires pour ne pas payer plus que nécessaire ni fausser les bulletins de paie. Nous l’expliquons ici de façon simple, avec les données en vigueur en 2026.

Qu’est-ce que l’arrêt maladie ?

L’arrêt maladie (techniquement, l’incapacité temporaire ou IT en Espagne) est la situation dans laquelle un salarié ne peut pas exercer ses fonctions à cause d’un problème de santé et a besoin de soins médicaux. Pendant toute sa durée, le contrat est suspendu : le salarié ne se rend pas à son poste, mais conserve sa relation de travail et perçoit une prestation économique qui remplace son salaire.

Il existe deux grandes catégories de risques, dont dépendent qui paie et combien :

Risques d’origine non professionnelle (contingencias comunes) : maladie ordinaire (une grippe, une infection, une lombalgie) ou accident non professionnel. C’est le cas le plus fréquent.
Risques professionnels (contingencias profesionales) : maladie professionnelle liée au travail ou accident du travail, y compris ceux survenus in itinere (sur le trajet vers le travail).

Cette distinction est essentielle, car les arrêts liés aux risques professionnels bénéficient d’une couverture plus généreuse dès le premier jour.

Qui paie l’arrêt maladie ?

Dans le cas d’un arrêt pour maladie ordinaire ou accident non professionnel, le versement de la prestation se répartit en trois tranches :

Jours 1 à 3 : aucune prestation de la Sécurité sociale n’est versée. Cette tranche est à la charge du salarié (sauf si la convention collective oblige l’entreprise à la compléter, ce qui est très courant).
Jours 4 à 15 : c’est l’entreprise qui paie, sur ses propres ressources.
À partir du jour 16 : c’est la Sécurité sociale ou la mutuelle collaboratrice qui paie, même si le versement est effectué sur le bulletin de paie en régime de paiement délégué (l’entreprise en fait l’avance, puis se fait compenser).

Quant au montant perçu pour un risque non professionnel :

Du jour 4 au jour 20 : 60 % de la base de calcul (base reguladora).
À partir du jour 21 : 75 % de la base de calcul.

De nombreuses conventions collectives améliorent ces chiffres et obligent l’entreprise à compléter la prestation jusqu’à 100 % du salaire pendant un certain nombre de jours. C’est pourquoi, avant de calculer un bulletin de paie en cas d’arrêt, la première chose à faire est de vérifier la convention collective applicable.

Qui paie les 3 premiers jours d’arrêt maladie ?

C’est la question qui revient le plus souvent. Dans le cas d’un arrêt pour risque non professionnel, les trois premiers jours ne donnent lieu à aucune prestation de la Sécurité sociale : en principe, ce coût pèse sur le salarié, qui ne serait pas rémunéré pour ces jours.

Cependant, dans la pratique, deux situations très fréquentes se produisent :

La convention collective oblige l’entreprise à les payer. Un grand nombre de conventions prévoient l’obligation de compléter la prestation dès le premier jour, de sorte que le salarié ne perd pas de revenus.
L’entreprise les prend en charge volontairement dans le cadre de ses conditions de travail.

La situation change complètement en cas de risques professionnels (accident du travail ou maladie professionnelle) :

La prestation est perçue dès le jour suivant l’arrêt.
Elle s’élève à 75 % de la base de calcul dès le premier jour.
Le jour de l’arrêt est intégralement payé par l’entreprise comme s’il s’agissait d’une journée travaillée.

Dans ces cas, il n’existe pas de « vide » des trois premiers jours : la couverture démarre plus tôt et avec un pourcentage plus élevé.

Et dans le cas des travailleurs indépendants ?

Les travailleurs indépendants (régime RETA en Espagne) ont eux aussi droit à une prestation pour IT, à condition d’être à jour de leurs cotisations et d’avoir souscrit la couverture du risque. En cas de maladie ordinaire, ils perçoivent la prestation dès le quatrième jour d’arrêt, et le versement est assuré par la mutuelle ou l’organisme gestionnaire auprès duquel ils ont souscrit la couverture. En cas de risques professionnels, dès le jour suivant.

Comment gérer les absences dans l’entreprise ?

Au-delà de savoir qui paie chaque tranche, le véritable défi d’une PME est de gérer les formalités et l’impact sur la paie sans erreurs. Un arrêt mal enregistré peut se traduire par un calcul incorrect, un décalage dans les cotisations ou un problème avec l’Inspection du travail.

Pour tenir tout cela avec rigueur, il convient de :

Enregistrer la date exacte de début et de fin d’arrêt de chaque salarié ainsi que le type de risque.
Conserver les avis médicaux (arrêt, prolongation et reprise) de manière centralisée et accessible.
Appliquer le complément prévu par la convention de façon automatique, plutôt que de le calculer à la main chaque mois.
Reporter l’absence dans le registre du temps de travail, afin que le suivi du temps corresponde à ce que l’équipe a réellement travaillé.

C’est là qu’un logiciel de RH fait toute la différence. Avec LapsoWork, vous pouvez enregistrer les arrêts, les relier au suivi du temps de travail et stocker les avis médicaux dans le gestionnaire documentaire, de sorte que chaque absence soit documentée et que son effet sur la paie se calcule tout seul. Moins de feuilles de calcul, moins d’erreurs et toute la traçabilité que l’Inspection peut vous demander.

En résumé

En cas de maladie ordinaire, la répartition est la suivante : jours 1 à 3 le salarié (sauf convention), jours 4 à 15 l’entreprise et à partir du jour 16 la Sécurité sociale.
On perçoit 60 % de la base de calcul du jour 4 au jour 20, et 75 % à partir du jour 21.
En cas de risques professionnels (accident ou maladie professionnelle), on perçoit 75 % dès le jour suivant l’arrêt.
Vérifiez toujours la convention collective : c’est elle qui détermine si ces premiers jours sont payés et s’il existe un complément jusqu’à 100 %.

Automatiser ce processus vous fait gagner du temps, évite les erreurs sur les bulletins de paie et vous donne la tranquillité d’esprit de respecter la réglementation en vigueur.